Hiplot携手火山引擎Bio-OS,推动生物信息生态共赢
2024年6月中旬,由Hiplot团队设计开发的多款生物医学可视化及科研工具上架火山引擎生物医学大数据操作系统(Bio-OS),由双方携手共同完善Bio-OS应用仓库中的云工具板块,帮助用户更加快速、准确地完善各种生物医学数据分析及可视化展示。
火山引擎Bio-OS网站截图
火山引擎与Bio-OS
火山引擎是字节跳动推出的面向企业的技术服务平台。它提供了一系列数字化服务和解决方案,包括视频云、智能推荐、数据分析、人工智能等多种技术能力。这些能力可以帮助企业提升业务效率、优化用户体验、实现数字化转型和创新。火山引擎依托字节跳动在技术和数据方面的优势与积累,旨在为不同行业和领域的企业提供强大而可靠的技术支持,助力企业在数字化时代取得更好的发展。
Bio-OS 生信操作系统是火山引擎面向生信从业者推出的全新的基于云原生化架构的生物医学信息分析平台,提供生物医学数据传输、数据存储、数据管理、生物信息分析等核心能力,端到端贯穿生信分析 Preprocessing-Processing-Postprocessing 全生命周期,Bio-OS 以 workspace 为工作核心,基于开放兼容的技术架构,帮助生物信息从业人员实现分析流程可重入、研究结果可复现、操作过程可追溯、知识可沉淀和传播的目标。
平台支持全球基因组学与健康联盟GA4GH社区开放标准和规范,持续积累和沉淀公开标准的数据集和工具资源,用户能够即取即用,快速开展任意数据规模的基因分析任务。
Hiplot
Hiplot平台(https://hiplot.com.cn)作为是一个全面、开放的一站式生物医学可视化及大数据分析平台,由上海腾云生物科技有限公司牵头并着力研发。从2019年项目立项发布,到2022年11月Pro版落地服务,仅1年半已累积注册18万专业用户,稳定计算服务千万余次,助力发表 SCI 文章 1600 余篇,其中不乏Nature、Cell Metabolism等顶级期刊,更是被多次写入综述推荐意见。
Hiplot目前包括云工具、云流程、云数仓(待发布)、云市场、云课堂等多个功能模块。其中云工具模块包含300多个计算工具,涵盖生命科学数据可视化、生物统计、人工智能、临床模型等多个板块。用简单、易用的界面,和精准、可信的计算,打通从基础科研,到生命科学,再到临床医学的数字化全流程。而云流程分析模块,基于混合云理念构建了全新的组学计算平台,带来高效、便捷的用户体验,结合自研框架实现NGS数据的自动化分析及交付,生成高标准化、高协同化、高可信度、高自由度的分析报告,现已落地多家头部NGS企业,推动NGS企业的数字化智慧化生产。
Bio-OS平台的主要理念之一就是:拥抱生态,融入社区。基于FAIR原则和GA4GH标准实现标准规范的统一、资源工具的统一、开发环境的统一和技术架构的统一。提供数据集仓库,代码仓库,算子仓库,工作流仓库,Digger仓库,涵盖了生命科学行业常用数据集,可以从Gitlab,Github,Gitee代码仓库导入,内置BioContainer、Dockstore、bioWDL等内置算子和工作流资源,以及基因组、转录组、单细胞、AI等不同主题工作workspace,提供从数据到工具到代码的丰富生态资源的接入。Bio-OS平台的另一个重要理念就是平台开源,内容开放。Bio-OS现已在Github开源社区版本,面向生信开发者,支持自行开发。此外,火山引擎已联合主办/承办两届Bio-OS开源开放大赛,以“开源共赢,科学无限”为宗旨,希望通过大赛牵引和开源开放的Bio-OS平台支撑,推动国内生物信息领域的交流与合作,共建“开放、创新、合作、共赢”的新生态。
Hiplot始终坚持免费开放为首要原则,平台首推的开放式运营模式为生物信息领域带来了诸多积极的变化。其核心优点在于促进了技术分享和创新,通过允许第三方开发者上架自己的应用,平台不仅扩大了服务与功能的多样性,还鼓励了全球开发者为特定科研问题贡献智慧。我们将其定义为“社区驱动的开发者到用户智联平台”(Community driven coder to customer platform),现平台入驻的开发团队或个人已有80余位,积极贡献代码和工具的优秀开发者有十余位,他们来自上海、广州、重庆、深圳、武汉、北京等全国各地,通过Hiplot平台服务了全球18万用户,累积完成计算数百万余次。
这种模式极大地提升了资源的利用效率,因为它允许用户访问到更广泛、更专业的工具,而开发者则从平台获得的曝光度和用户反馈中受益,持续迭代和优化自己的产品。对于用户来说,他们得以在单一平台上访问最新最全的工具和应用,大大降低了学习成本和时间成本。而对于开发者,这种模式简化了市场推广和用户获取的流程,让他们更专注于工具的研发和优化。从未来的角度看,这种自下而上的模式将推动生物信息学的民主化,使得科研工作更加高效,不断拉进开发者与用户之间的距离,最终实现生态链的闭环。
Hiplot团队作为首届Bio-OS开源开放大赛的参赛队伍,以“适配Bio-OS的Kubernetes版本多流程语言拓展引擎”为题参赛,并作为社区代表与Bio-OS开展长期的生态合作。时至今日,双方携手推动火山引擎Bio-OS平台的应用仓库不断完善,共同促进国内生物信息生态圈的合作共赢。放眼未来,Hiplot和火山引擎的合作不仅会立足和深耕行业生态,更会着眼于专业的行业解决方案。相信不远的将来,即将发布的Hiplot Nebula基于火山引擎的丰富算力和核心优势,将会为行业伙伴带来更大体量更加持续的业务增长。
生态伙伴
Hiplot一直秉承开放合作的精神,我们期待更多的伙伴与我们达成深度合作,共同推进合作共赢的新生态。