国家基因库与Hiplot签署合作备忘录
国家基因库与Hiplot签署合作备忘录
近日,深圳国家基因库(下称“国家基因库”)与Hiplot团队联合宣布,双方已正式签署合作备忘录,以期共同推进生物信息领域“开放、合作、共赢”的新生态范式,将通过多种合作路径,共同发力促进基因科学,尤其是生物计算领域的发展。
作为服务于国家战略的重大科技基础设施之一,目前国家基因库已建成千万级样本存储能力、691万亿次/秒计算能力、Pb级数据产出能力,并在此基础上建立了综合性生命科学数据共享平台——国家基因库生命大数据平台(CNGBdb),为全球科研工作者提供生物大数据汇交管理和共享服务。而Hiplot平台,则依托其稳固的用户群体基础,深耕生命医学大数据的分析和可视化,致力于为医学大数据及生命健康领域提供专业计算服务,帮助科研工作者更快捷、准确地完成生物医学数据解读和研究。未来,双方通过灵活的资源互补,将形成更加紧密的合作,通过现有或新的方式促进生态融通,为生物医学计算增加优质人才储备,提升新质生产力,共同促进基因科学研究和产业发展的热度、深度和广度。
开放合作,拥抱生态
双方的主要合作将从数据安全共享、生态共建、成果转化等多个方面进行深层次对接。数据安全共享方面,基于CNGBdb现有数据汇交能力,在合法合规、保护数据隐私的前提下,通过Hiplot将用户存储的科学数据进行安全共享,共同实现归档数据的有效治理,方便终端科研用户,打通数据孤岛,实现数据计算向数据共享的有效靠拢。
开源生态方面,国家基因库作为服务于国家战略的国家级公益性创新科研及产业基础设施建设项目,为科研人员和相关从业者创造了大量学术交流及科普教育的机遇。Hiplot作为目前国内比较有代表性的生物信息开放社区之一,秉承开源开放理念促进开源生态闭环良性发展,并基于创新Web2.0理念构建了开发达人展现平台“嗨客岛”(见下图),现已汇集初成规模的开源开发者群体。双方将通过资源互补和紧密合作,为生命科学计算增加优质人才储备,推动生信平台的可持续性发展。
成果转化方面,国家基因库现已搭建起开放性、引领性、公益性、支撑性的服务平台,促进基因组学在精准医学、精准健康、未来农业、海洋开发、微生物应用等方面的前沿探索与产业转化。Hiplot基于自下而上的发展范式和坚实的用户基础,现已通过私有化部署协助多家头部企业完成测序服务的数字化、智慧化生产交付,并大幅突破基因测序在产前诊断、CRO等场景中的产能瓶颈。接下来,双方将“自上而下”和“自下而上”发展范式相互融合,通过开放式、扁平化的合作愿景,共同推进“产学研”的多领域整合,并加速实现全方位的成果转化。
未来愿景
开放共享,合作共赢。希望不远的将来,国家基因库携手Hiplot,可以让科研人员不再受限于数据获取和处理的瓶颈,轻松访问到世界级的基因数据资源,并利用高效工具进行快速分析,以期实现科研效率的极大提升并加速新发现、新产出,为人类健康和疾病治疗提供更坚实的数据支持。
CNGB
关于深圳国家基因库
深圳国家基因库(China National GeneBank,CNGB)由国家发展和改革委员会、财政部、工业和信息化部、国家卫生健康委员会(原卫生部)四部委批复建设。由深圳国家高技术产业创新中心负责运行管理,委托深圳华大生命科学研究院开展运维工作。
深圳国家基因库是服务于国家战略的重大科技基础设施之一,对生物遗传资源进行存储、读取和开放共享,并以此为基础搭建起支撑生命科学研究与生物产业创新发展的公益性、开放性、引领性、战略性科技平台,是世界领先的综合性生物遗传资源基因库。
在开放共享平台建设方面,深圳国家基因库基于生命周期全覆盖,“样本-数据”全贯穿的能力,建立国家基因库生命大数据平台(CNGBdb, https://db.cngb.org/),为全球科研工作者提供生物大数据智能搜索、汇交管理、可信计算和科学应用等服务,建立大数据搜、存、算、用为一体的闭环,助力科研合作、成果发表,促进生物、医学、农业等产业发展。
Hiplot
关于Hiplot平台
Hiplot平台(https://hiplot.com.cn)作为是一个全面、开放的一站式生物医学可视化及大数据分析平台。至今,已累积注册18万专业用户,稳定计算服务千万余次,助力发表 SCI 文章 1600 余篇,其中不乏Nature、Cell Metabolism等顶级期刊,更是被多次写入综述推荐意见。
Hiplot平台始终坚持免费开放为首要原则,平台首推的开放式运营模式为生物信息领域带来了诸多积极的变化。其核心优点在于促进了技术分享和创新,通过允许第三方开发者上架自己的应用,平台不仅扩大了服务与功能的多样性,还鼓励了全球开发者为特定科研问题贡献智慧。我们将其定义为“社区驱动的开发者到用户智联平台”(Community driven coder to customer platform),现平台入驻的开发团队或个人已有80余位,他们来自等全国各地,通过Hiplot平台服务了全球18万用户,累积完成计算数百万余次。
这种模式极大地提升了资源的利用效率,大大降低了学习成本和时间成本。从未来的角度看,这种自下而上的模式将推动生物信息学的民主化,使得科研工作更加高效,不断拉进开发者与用户之间的距离,最终实现生态链的闭环。
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